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Los tratamientos recomendados para la enfermedad de Crohn y Colitis Ulcerosa varían dependiendo de la afectación de cada paciente. Aunque nuevos fármacos van apareciendo, el protocolo a seguir está muy estipulado. El paciente suele tener un tratamiento de mantenimiento, excepto en los casos en los que no es necesario, que suele consistir en la toma de inmunosupresores y/o tratamientos biológicos. Este tratamiento pretende mantener al paciente en remisión y controlar los síntomas. Los periodos de brotes suelen controlarse con altas dosis de corticoides. En los casos más agudos es necesario recurrir a la cirugía.
Los tratamientos actuales están dando muy buenos resultados y aunque cada persona reacciona de una forma distinta a ellos, la mayoría de los afectados consiguen mejorar bastante su calidad de vida.