La esperanza de vida de las personas que sufren Granulomatosis de Wegener ha mejorado de manera muy importante en las últimas décadas. Antes de la década de los 70 la mitad de los pacientes morían 6 meses después de ser diagnosticados. En 2017, más del 80% de los pacientes que siguen el tratamiento adecuado viven pasados los 8 años.
Más de la mitad de los pacientes que reciben tratamiento entran en remisión y su expectativa de vida es buena. Los que tienen recurrencias y no consiguen entrar en remisión tienen peores pronósticos y una menor esperanza de vida que la población general. No obstante los nuevos tratamientos como la ciclofosfamida y el rituximab están mejorando mucho las estadísticas de supervivencia de las personas con Granulomatosis de Wegener.