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La esperanza de vida de las personas con Síndrome de Apert depende del grado de afectación. Algunos niños no pasan de la infancia mientras que otros llegan a adultos y podrían tener una esperanza de ida similar a la de la población general, sobre todo si no tienen afectación cardiaca. La esperanza de vida está mejorando gracias entre otras cosas a los avances en la cirujía y el seguimiento de los pacientes.