PHP peut se développer dans les 4 à 8 semaine de la gamme in utero. La ligne médiane est généralement affectée, ce qui provoque pas de petits ou de l'hypophyse. PHP peut aussi survenir plus tard dans la vie aussi, surtout par la tumeur sur ou près de la glande pituitaire dans le cerveau. Sans savoir la cause par l'environnement, les infections, les médicaments ou la diététique a été confirmé. La génétique sont remis en cause, mais pas de retour positif a été confirmé.