Com a Ressonância Magnética obtém-se a melhor definição morfológica dos ventrículos, consegue-se dar o diagnóstico etiológico com melhor acurácia, muitas vezes identificando pequenas lesões que não são percebidas pela TC. Tem melhor resolução que a TC principalmente no estudo da fossa posterior, definindo com detalhes malformações como o Chiari ou pequenas obstruções no aqueduto cerebral.