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Para diagnosticar la celiaquía hay que hacerse unos análisis de sangre y una gastroscopia con biopsias. Los análisis concretamente son para ver unos anticuerpos que salen positivos en un alto porcentaje de celiacos, pero la prueba definitiva y la que confirma el diagnóstico de celiaquía es la gastroscopia.
Hay celiacos que tienen los anticuerpos negativos y personas con los anticuerpos positivos que no tienen daño intestinal, por lo tanto la biopsia es la prueba determinante.
También existen análisis genéticos que ven la susceptibilidad a ser celiaco.