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La expectativa de vida con Síndrome CHARGE es buena en general. Los niños diagnosticados con este trastorno pueden llevar una vida normal, ir a la escuela y realizar actividades de rutina como cualquier persona.
Muchas de las anomalías estructurales (como defectos cardiacos o labio leporino) pueden corregirse quirúrgicamente, por lo que el tratamiento temprano es imprescindible.
Por otro lado, los problemas de alimentación y déficits del habla y el lenguaje pueden ser mejorados con terapia y otras intervenciones.
El mayor riesgo de mortalidad en pacientes con Síndrome de CHARGE se presenta en el primer año de vida, generalmente debido a una combinación de atresia bilateral posterior con defectos congénitos del corazón o atresia de esófago.