La sospecha de una PAF puede comenzar al detectar al menos 20 pólipos colorrectales adenomatosos en una o varias colonoscopias, al observar la historia familiar de CCR o de PAF en el paciente o tras la asociación con pólipos en estómago o duodeno y manifestaciones extraintestinales.
También se aconseja descartar PAF en pacientes que presenten más de diez pólipos adenomatosos en colon o recto y manifestaciones extraintestinales asociadas: adenomas duodenales, tumores desmoides, cáncer papilar de tiroides, hipertrofia del epitelio retiniano, osteomas, quistes epidermoides...
Al surgir la sospecha se realiza un estudio genético germinal (en sangre) que confirmará la mutación, lo más común es que se encuentre en el gen APC o en el gen MUTYH.